レンタルサーバー会社ごとにサーバーのroot(home)を始めとしたディレクトリ構造がそれぞれ異なってややこしいので、ここらでまとめようと思う。
Xserver
エックスサーバーはシンプルで、まずルート直下にはじめから与えられた xsrv.jp のサブドメイン名のフォルダが作成されている。独自ドメインを設定すると自動的に同じ名前のフォルダがルート直下に作成されるようで、以下の形となる。
/
∟xs123456.xsrv.jp
∟public_html
∟my-domain1.com
∟public_htmlロリポップ
http://アカウント名.main.jp/
∟my-domain1
∟my-domain2こういう構造になっていて、あくまで全てデフォルトで付与される http://アカウント名.main.jp/ ディレクトリがルートであり、その下に自分で作成した公開フォルダ（ディレクトリ）がぶら下がる形となる。
公式では公開フォルダ名はドメインと同じでなく、ドットなどつけないのが推奨っぽいが確かドットを付けたフォルダ名も設定できたはず。
独自ドメイン設定 / ドメイン / マニュアル – ロリポップ！レンタルサーバー
少なくともセカンダリドメイン（ .comなどの前の奴）と公開フォルダ名は揃えておくのが管理上おすすめ。
さくらのレンタルサーバ
まずサーバー契約時に下記のURL（サブディレクトリ）が自分に割り当てられる。
http://アカウント名/sakura.ne.jpそしてサーバー構造として、ルートディレクトリは以下である。
/home/アカウント名/www 独自ドメインを設定する際にこのルートディレクトリ配下の何かしらのディレクトリを割り当てなければならないため、例えば my-domain1.com という独自ドメインをさくらのレンタルサーバで使いたかったら、以下のようにwww配下にドメイン名と同じmy-domain1.comというディレクトリを作成し、そこをmy-domain1.comのルートとして割り当てるのがわかりやすくておすすめ。
/home/アカウント名/www/my-domain1.com
※上記ディレクトリをmy-domain1.comというドメインのルートディレクトリに割り当てる。もしmy-domain1.comにWordPressをインストールして運用したいときは、サーバーは以下のディレクトリ構造になる。
home
∟アカウント名
∟www
∟my-domain1.com
∟wp-admin
∟wp-content
∟wp-includesその他
Conoha Wing, Mixhost, Kagoyaサーバーなどはメモしていなかったため、一旦上記のみ。機会があれば追記します。ただ基本的にレンタルサーバーはXserver一択でいいかなと思っている派です。
